منابع شیعی و سنی تصدیق می‌کنند که حوادث رخ‌داده در سال 622 میلادی، مهمترین بخش از زندگی محمد را تشکیل می‌دهد. محمد که می‌دانست دشمنانش در حال کشیدن نقشه برای قتل وی بودند، از علی خواست که به جای وی در بسترش بخوابد.[51] شبی که محمد از مکه به مدینه هجرت کرد، علی جان خود را به خطر انداخت و در بستر محمد خوابید.[52]محمد به همراه ابوبکر مخفیانه مکه را ترک کرد و چندین روز بعد به یثرب، که زین پس مدینه نامیده شد، رسید و این هجرت، مبدأ تقویم هجری گردید. وقتی دشمنان با خنجرهای آخته وارد خانه? محمد شدند، از دیدن علی بسیار شگفت‌زده شدند و به وی آسیبی نرساندند.[53] بنا بر تفسیر سید محمدحسین طباطبایی در المیزان، آیه? 207 سوره? بقره به این امر اشاره دارد:[54] «از مردم کسانی هستند که جان خود را در راه جلب رضایت خداوند تقدیم می‌دارند و خداوند به بندگان خود رئوف است». علی در انتظار فرمان جدید، چند روز دیگر در کنار خانواده? محمد ماند.[55] محمد از علی خواست که اموالی را که قبلاً مردم به وی به امانت داده بودند به صاحبانش باز گرداند و علی این کار را انجام داد. پس از انجام این کار، علی مکه را به مقصد مدینه ترک کرد.[56] به دستور محمد، علی به قبا در حومه? شهر مدینه رفت. طبق برخی منابع، علی یکی از اولین کسانی از مهاجرین بود که به مدینه رفت. در این زمان وی 22 یا 23 سال داشت.[57]
در مدینه
ازدواج با فاطمه
مدت کمی پس از رفتن علی به مدینه، محمد به علی گفت که خداوند به وی فرمان داده‌است که دخترش، فاطمه? زهرا، را به ازدواج وی درآورد. با اینکه چندهمسری مجاز بود، علی در زمان حیات فاطمه، با زن دیگری ازدواج نکرد.[58] ازدواج علی با فاطمه، دارای اهمیت معنوی خاصی برای تمام مسلمانان است. زیرا به‌عنوان ازدواجی میان مهمترین شخصیت‌های مقدس از خویشان محمد تلقی می‌گردد. محمد که تقریباً هر روز به دیدار دخترش می‌رفت، با این ازدواج به علی نزدیک‌تر شد و یک بار به وی گفت که تو برادر من در این دنیا و آخرت هستی. پس از مرگ فاطمه، علی با زنان دیگری ازدواج نمود و صاحب فرزندان بسیار دیگری شد.[59] خانواده‌ای که از ازدواج این دو تشکیل شد، مکرراً از سوی محمد مورد ستایش قرار می‌گرفت و محمد از آن در واقعه‌هایی مانند رویداد مباهله و حدیث آل عبا، به‌عنوان اهل بیت یاد کرد. در قرآن نیز در موارد متعددی مانند آیه? تطهیر، از اهل بیت به بزرگی یاد شده‌است.[60][61]
مأموریت‌های مهم
علی در این دوران از سوی محمد، چندین مأموریت مهم را عهده‌دار شد. محمد وی را به‌عنوان یکی از کاتبان متن قرآن منصوب کرد. نقش علی در تدوین نسخه? مکتوب قرآن، یکی از مهمترین مشارکت‌های وی در اسلام محسوب می‌گردد.[62] پس از هجرت، محمد هنگامی که میان مهاجرین و انصار پیوند برادری می‌بست، علی را به‌عنوان برادر خویش برگزید. علی در سال 9 هجری، نویسنده? متن صلح حدیبیه بود. در سال 630 میلادی، سال قبل از فتح مکه، هنگامی که ابوبکر حج را رهبری می‌کرد، محمد سوره? «برائت از مشرکان (توبه)» را[63][64] توسط علی به مکیان ابلاغ کرد.[65] یک سال بعد از آن محمد، علی را برای گسترش تعالیم اسلام، به یمن فرستاد.[66] علی کسی بود که برای شکستن بتهای درون کعبه و دیگر بت‌هایی که توسط قبیله‌های اوس و خزرج و طیء پرستیده می‌شد، انتخاب شد.[67] همچنین علی مأموریت یافت تا کشمکش‌ها را حل و فصل و شورش‌های قبائل گوناگون را سرکوب کند.[68]
در جنگ‌ها
علی به جز جنگ تبوک[69] در تمام غزوهها شرکت داشت. او معمولاً علم‌دار سپاه محمد بود و در دو غزوه (خیبر در سال ششم هجری[70] و یمان به سال ده هجری[71]) فرمانده سپاه اسلام بود.[72] شجاعت علی در سفرهای نظامی به افسانه مبدل گشت. وی به همراه حمزه، ابودجانه و زبیر به خاطر حملاتش به دشمن شناخته می‌گردد. گفته می‌شود که در جنگ بدر به تنهایی بیش از یک‌سوم افراد دشمن را کشت. در سال 5 هجری، او به دست خود، دشمنانی را که از سوی محمد به مرگ محکوم شده بودند، اعدام کرد و به همراه زبیر، بر کشتار قبیله? بنی‌قریظه نظارت نمود.[73] او قاطعانه در جنگ‌های احد مصادف با 625 میلادی[74] و حنین مصادف با 630 میلادی[75] از محمد محافظت کرد. پیروزی مسلمانان در جنگ خیبر را به شجاعت وی نسبت می‌دهند. علی در آهنین و سنگین خیبر را به‌عنوان سپر خود به کار برد،[76] طبق روایتی، جبرئیل به رزم علی و شمشیرش ذوالفقار که از محمد گرفته بود، اشاره کرد و به محمد گفت «جوانمردی جز علی و شمشیری جز ذوالفقار وجود ندارد». علی با جنگجوی بزرگ قریش، طلحه بن ابی‌طلحه جنگید. طلحه مدام رجز می‌خواند که هر مسلمانی را که به مصافش بیاید شکست می‌دهد. وقتی طلحه از علی شکست خورد، با بیان جمله «کرم الله وجهه» از وی تقاضای رحمت کرد. این دعای خیر، یکی از القاب علی گردید که بیشتر توسط اهل سنت به کار برده می‌شود. این عبارت که معمولاً با کلمات دیگری همراه می‌شود، به منظور درود فرستادن و دعای خیر کاربرد دارد.[77]
