پدر
خاندان ایشان به قولی از نسل مقداد می باشند از این رو فامیل مقدادی در این خاندان به کار گرفته می شود. پدر وی مرحوم ملاّ علی اکبر، مردی زاهد و پرهیزگار و معاشر اهل علم و تقوی و ملازم مردان حق و حقیقت بود و در عین حال از راه کسب، روزی خود و خانواده را تحصیل می کرد و آنچه عاید او می شد، نیمی را صرف خویش و خانواده می کرد و نیم دیگر را به سادات و ذراری فاطمه زهرا اختصاص می داد..[1]
تولد
حسنعلی در سال 1279 قمری در اصفهان متولد شد و بر اثر برخوردی با محمد صادق تخته فولادی وارد عالم عرفان شد. خود حاج شیخ حسنعلی اصفهانی نقل کرد:« بیش از هفت سال نداشتم که نزدیک غروب آفتاب یکی از روزهای ماه رمضان که با تابستانی گرم مصادف شده بود، به اتفاق پدرم، به خدمت استاد حاجی محمد صادق، مشرّف شدم.در این اثناء کسی نباتی را برای تبرک به دست حاجی داد. استاد نبات را تبرک و به صاحبش رد فرمود و مقداری خرده نبات که کف دستش مانده بود، به من داد و فرمود بخور، من بیدرنگ خوردم. پدرم عرض کرد: حسنعلی روزه بود. حاجی به من فرمود: مگر نمی‌دانستی که روزه ات با خوردن نبات باطل می گردد. عرض کردم: آری، فرمود: پس چرا خوردی؟ عرضه داشتم: اطاعت امر شما را کردم. استاد دست مبارک خود را بر شانه من زد و فرمود: با این اطاعت بهر کجا که باید می رسیدی رسیدی. »
تحصیلات
حسنعلی اصفهانی از آغاز نوجوانی خود، به کسب دانش و تحصیل علوم مختلف مشغول شد، خواندن و نوشتن و همچنین زبان و ادبیات عرب را در اصفهان فرا گرفت و در همین شهر، نزد استادان بزرگ زمان، به اکتساب فقه و اصول و منطق و فلسفه و حِکم پرداخت.از درس فقه و فلسفه آخوند ملا محمد کاشی فایده ها برد و فلسفه و حکمت را از افاضات ذی‌قیمت جهانگیرخان و تفسیر قرآن مجید را از محضر درس حاجی سید سینا پسر سید جعفر کشفی و چند تن دیگر از علماء عصر آموخت.سپس برای تکمیل معارف به نجف اشرف و به کنار مرقد علی بن ابی‌طالب مشرّف شد. در این شهر، از جلسات درس حاجی سید محمد فشارکی و حاجی سید مرتضی کشمیری و ملا اسماعیل قره باغی استفاده می کرد.او علاوه بر علوم معارفی و عرفانی در اصفهان و نجف دروس فقه، اصول و فلسفه را از افرادی چون جهانگیر خان قشقایی، آخوند خراسانی و سید محمد فشارکی فراگرفت.
شیخ حسنعلی نخودکی در نجف هم حجره‌ای سید حسن مدرس بود. از دوستان او می‌توان به شیخ محمد بهاری و سید حسین طباطبایی بروجردی اشاره کرد.
فرزند
شیخ علی مقدادی اصفهانی از نویسندگان شیعی معاصر متوفای اسفند سال 1388 ش فرزند او بود که در تهران درگذشت و در خراسان دفن شد. شرح حال زندگی او را پسرش شیخ علی مقدادی اصفهانی (متوفای اسفند سال 1388. ش) در کتاب نشان از بی نشان‌ها آورده‌است.
دوران تدریس
نخودکی اصفهانی بر علوم غریبه احاطه داشت و شاگردانی مانند سید عبدالاعلی سبزواری و محمود حلبی را در این رشته تربیت کرد.[2] او در سال 1361 درگذشت و در مشهد در حرم علی بن موسی‌الرضا دفن گردید. مشهور است که او زمان وفات و محل دفن خویش را قبل از مرگ به نزدیکانش اعلام نموده بودند.
اجازه روایت
آیت الله سید شهاب‌الدین مرعشی نجفی چنانکه از کتاب الاجازه الکبیره و المسلسلات بر می آید از نخودکی اجازه نقل روایت دارد. دستخط شیخ حسنعلی نخودکی در کتاب المسلسلات آمده است.
